行政院於9月4日召開記者會，宣布院長林全請辭，總統府隨即在5日迅速召開記者會，由台南市長賴清德接掌閣揆。9月7日林全內閣總辭，賴清德辭去市長一職，並於8日就任行政院長，賴清德內閣正式啟動。
1959年出生的賴清德是內科醫師，因為長期在台南工作，因而也在這裡踏上其政治之路。他從1999到2010年擔任立法委員，2010年底投入改制後第一屆台南市長選舉，以超過六成的得票率擊敗對手；2014年競選連任，他的得票率接近七成三，在所有的行政區橫掃對手。從政生涯的不敗戰績，讓「賴神」之名不逕而走。主掌市政期間施政滿意度一直維持在50～80%的高支持度與滿意度。憑藉著賴清德在地方上受到高度的評價，果然在凝聚及提升民意上具有顯著的加分效果，更讓人對賴內閣未來的表充滿高度期待。
細數這次的內閣輪替，最重要的改進之處無疑是政府溝通能力的實質提升，出身於地方選舉，身經百戰的政治人物，最擅於清楚明瞭地向民眾說明政府的政策內容和目標成果，賴清德的不敗紀錄正代表其具備高度的溝通能力。就此點而言，這對於前林全內閣常被詬病政府施政與人民的溝通及說明不足的問題，絕對有立即改善的效果。更重要的是，賴清德在陳水扁政府時期，曾經擔任過立法院民主進步黨團幹事長，擔負立法院和行政院的溝通橋樑重任，今後可望有效改善執政黨立法黨團與行政院的政策協調事宜。
原本應在立院開議後立即進行的新行政院長施政報告及總質詢，在國民黨的惡意杯葛下，延滯到9月26日才得以順利進行。在「團結一致、壯大台灣，並且善盡責任，促進區域的和平安全」的施政主軸下，賴清德表示，行政院前院長林全，在立法院監督下，克服種種困難，為新政府定錨築基，落實蔡英文的政見，但建設與改革是一項長期的工作，必須經由行政團隊一棒接一棒的不斷努力，往前邁進，才能帶動國家整體發展。賴清德指出，台灣當前面臨的問題千頭萬緒，包括產業結構的轉型、 能源轉型的挑戰、少子女化及高齡化的社會危機，還有轉型正義、年金改革等許多社會關注的議題。但只要立法、行政兩院團結打拼，全民同心協力，一定可以共創一個更繁榮、更安定、更幸福的美麗家園。
賴院長表示，面對國際競爭，台灣將積極參與區域經濟整合、擴大國際合作，並與各國簽訂貿易協定，持續推動新南向政策，深化與新南向國家的鏈結及合作。首先，為提升台灣經濟動能，行政院以刺激民間消費、擴大公共建設、帶動民間投資、獎勵民間參與公共建設、落實經濟轉型升級、加速推動經濟發展，將全力推動以下6項具體措施：
一. 政府帶頭加薪：明年1月1日，全體軍公教人員加薪。
二. 優化賦稅制度：啟動稅制改革，減輕低收入者稅負，適度調降中小型及新創企業稅負。
三. 號召投資台灣：建構友善的創業與經營環境，吸引企業投資臺灣。
四. 推動法規鬆綁：鬆綁財經法規，吸引外國人才。
五. 加速推動前瞻基礎建設計劃。
六. 持續推動「五加二」產業創新計劃，強化台灣產業的國際競爭力。
其次，施政方針報告指出，全力振興經濟的同時，行政院也將積極推動五大施政目標：
一. 文化台灣：厚植文化力量，將文化結合產業、農業、觀光及生活。
二. 綠能矽島：以創能、節能、儲能及智慧系統整合等四大面向，達到非核家園及節能減碳的目標。
三. 智慧國家：轉型為資訊應用的數位強國，提供年輕人更多智慧創新的機會。
四. 公義社會：持續推動並落實年金改革、司法改革、稅制改革、轉型正義等，促進社會公平正義及確保永續發展。
五. 幸福家園：強化並推動治安、食安、空氣品質等政策。
再者，談到兩岸關係時，賴清德強調，他的主張就是求同存異，希望「以合作取代對抗」、「以交流取代圍堵」，透過交流合作，增進彼此的瞭解、理解、諒解、和解，兩岸才有真正的和平與發展。賴清德認為，未來，在外交及兩岸上，行政院將秉持總統蔡英文「務實外交，互助互惠」的理念，以及「善意不變」、「承諾不變」、「不在壓力下屈服」的宣示，務實推動各項工作。賴清德表示，朝野和諧、社會安定、兩岸和平，是國人同胞的殷切期盼。整體而言，新閣揆的施政報告充滿政黨價值的堅持，政府政策的延續性及與蔡英文總統選舉政見承諾的一致性。
賴院長的高度行動及執行力立刻表現在其立法院施政報告隔天，即召開加速投資台灣專案會議，宣布將透過加強政府公共建設預算執行、國營事業積極投資、檢討招商中心功能、鼓勵企業投資台灣等四大項作法，以提振投資。賴清德在會議結束後，召開記者會對外說明，他上任以來各界都要求團隊拚經濟為優先，因此他也把拚經濟列為最重要施政目標。在拚經濟的六點措施中，有一項是號召大家投資台灣，並在此目標下召開加速投資台灣專案會議。
最後，國內投資動能不足對台灣傷害很大，自2,000年後國內投資逐年降低，直到去年降至僅占GDP比重20.9%，此點有必要加以重視。賴院長未來將採取以下作為：
第一，政府公共建設預算執行率僅80幾%，一年約500億元未如期執行完成，除責成工程會加強檢討外，請國發會與工程會共同督導，讓公共建設預算順利且執行完成。
第二，國營事業的投資很重要，行政院要國營事業擬訂發展計畫，要積極投資，有助公司發展及台灣經濟繁榮，而且每一計畫要有總督導及預警機制，若碰到困難，來自地方、跨部會協調等，都要及早預警，讓政院及早協助化解。
第三，賴清德指示未來對招商要化被動為主動，不論僑外、外國及本國企業投資，要有專人服務、單一窗口，另責成國發會、人事總處及經濟部，檢討招商中心的組成，包含內政部、金管會應加入，希望在台海選有理想、抱負的年青人加入等。
第四，鼓勵台灣企業投資台灣，希望企業未來將研發、製造放在台灣，也會加碼投資台灣，這對政府拚經濟是很大的鼓勵，未來包括中小企業或大型企業，都歡迎加入投資台灣。
賴清德並表示，企業對投資的五缺問題，後續他會持續解決，當五缺問題解決有計畫後，他會開記者會對外說明；另外在投資標的方面，總預算已過，明年也可投入前瞻或五加二產業創新計畫，都歡迎企業加入促參行業。他表示，過去民進黨執政時，每年都有2,000多億元，這幾年都降低，除鼓勵國內外企業投資外，也應有標的可供投資，未來會搭配在前瞻及五加二，提供促參機會，讓企業挹注投資台灣的力量。
至於ㄧ般人所矚目的是，賴清德閣揆在9月26日答覆國民黨立委王惠美質詢時拋出「我是主張台灣獨立的政治工作者」的議題，作為首位敢在國會殿堂坦承主張台獨的行政院長，立即引來各界關注。接著，在下午接受民進黨立委李昆澤繼續質詢相似問題時，經其做更進一步地完整闡述後，總統府更發表明確宣示：「政府立場始終明確一致」。中國國台辦對此的反應不言而喻，國民黨也一如往常附和中國起舞，批評兼帶威脅地表示賴清德此次的表態，對於民進黨、甚至於兩岸而言，都是一項危機。
事實上，早在9月7日賴清德接受台北之音專訪時就明白表示，兩岸關係是國際關係，看美國的態度就知道，主張台灣獨立的立場不會改變。更讓人至今仍津津樂道的是2013年中國著名維權人士陳光誠訪問台灣，賴清德是唯一親自公開出面接待的地方首長。2014年，賴清德訪問上海，在與復旦大學學者的座談會上，他說台獨主張在台灣社會有「極大共識」，「（即使能夠）解決民進黨的台獨黨綱，沒有辦法解決台灣人民要求獨立的主張。」。在實際上，外交兩岸事務原本就是由三軍統帥總統主導的領域，在兩政策內涵上，行政院長就此與其說是決策拍板者，不如說是決策參與及執行者，況且在其施政報告中有關兩岸部分，賴揆與蔡總統幾乎在手段及目的上完全若合符節。賴揆能坦率直白地表達其個人的政治信仰與價值，我們期望它也能竭力無畏地執行其施政報告中壯大台灣自己，貫徹社會公義的承諾！
作者為中正大學財法系副教授